北京大学深圳医院地处福田中心区，于1999年底建成开业，是深圳市政府投资建成的现代化三级甲等综合性公立医院。2000年10月，深圳市人民政府与北京大学签署合作协议，首开国内院-校紧密合作办医先河，将医院纳入北京大学附属医院管理体系，并更名为“北京大学深圳医院”。医院占地面积5.9万平方米，目前总建筑面积近22万平方米，是一家地面“零停车”的无围墙医院，院内花园四季常青，被誉为“深圳最美医院”。

目前，全院员工3500余名，其中卫生技术人员占比为81.6%，高级职称人员780余名，硕博士研究生900余名。

肾内科是业界较为认可的深圳市肾脏疾病临床与基础研究中心。2023年起深圳市血透质控中心挂靠于此。